En el grupo D reaparecía el Valencia CF, tras un año de ausencia en la Liga de Campeones, y después de pasar la ronda previa de clasificación. Ambos se enfrentaron en el último partido, con ventaja en la clasificación de los alemanes, jugándose el primer puesto del grupo que les otorgase un sorteo más asequible en octavos de final. Durante ese lapso de tiempo, marcó un gol en la Copa del Rey. Sufrió una lesión en la temporada 2003-04 pero se las arregló para marcar 19 goles, consiguiendo su gol número 150 con la camiseta del Liverpool, el 15 de febrero de 2004 contra el Portsmouth. Los resultados confirmaron la dificultad del grupo, pues el Werder Bremen fue el único equipo en quedar eliminado con diez puntos. El grupo A fue el que parecía en principio el más complicado de todos, pues en él quedaron encuadrados dos de los grandes favoritos a hacerse con el título europeo, el Barcelona, vigente campeón de la competición, y el Chelsea, gran dominador de la liga inglesa en los últimos años, camisetas futbol madrid la única en conseguir clasificar a cuatro conjuntos para la fase final de la competición.

Esta composición del grupo levantó expectativas, pues el Barcelona y el Chelsea habían creado una gran rivalidad entre ellos, después del emparejamiento de ambos en eliminatorias llenas de polémicas las dos últimas temporadas, con una victoria cada uno. Los dos cabezas de serie del grupo C fueron el Liverpool y el PSV Eindhoven, dos clásicos de Europa, ambos ganadores del título europeo. El CSKA comenzó muy bien la primera vuelta de la liguilla, cediendo un único empate en Oporto, y después de tres jornadas se mostraba encabezando el grupo y con todas las opciones de conseguir la clasificación. Por otra parte, el Sporting de Portugal parecía tener asegurada su clasificación para la UEFA en su último partido en casa ante el Spartak, pero cayó derrotado por 1-3, y fueron los rusos los que accedieron a la repesca. En cuanto al Sevilla, trató de impedir que se jugase al fútbol en todo momento, y también tuvo sus ocasiones a la contra.

El AC Milan, equipo con mayor coeficiente UEFA en el inicio del torneo, pudo clasificarse finalmente para la fase de grupos de la competición, después de verse obligado a jugar la fase previa de clasificación, resultado de la sentencia del juicio por manipulación de partidos del fútbol italiano. El fútbol ecuatoriano vive un momento dorado en Europa, y Piero Hincapié se erige como uno de sus estandartes más prometedores. En el 50, Gabi se estrenó como goleador en la pretemporada tras recibir un pase de Diego Costa. Como ocurrió un año antes, el Real Madrid abrió la competición visitando el estadio Gerland del Olympique, y se volvería a repetir una clara victoria de los franceses. Sin embargo, el Inter consiguió remontar a raíz de su derrota ante el Bayern Múnich, y logró imponerse en sus siguientes tres partidos, sellando su clasificación, junto a la del equipo bávaro. El grupo rápidamente se convirtió en un mano a mano entre españoles e italianos, llevando el Valencia ventaja con su victoria ante los romanos en el Mestalla por 2 a 1. Así, el Valencia pronto se hizo con el primer puesto matemáticamente, antes de disputar el último encuentro en el Olímpico de Roma, al que acudió con una larga lista de lesionados y con varios jóvenes jugadores de su equipo filial.

Ello propició que el Barcelona y los alemanes llegaran al último partido, que los enfrentaba entre sí en el Camp Nou, jugándose la clasificación. En el grupo F volvieron a coincidir el Manchester United y el Benfica portugués, después de la fase de grupos de la temporada anterior, en la que los ingleses quedaron apenados tras su cuarto puesto en el grupo, mientras que los lusos sí consiguieron la clasificación, merced a la victoria en el duelo que los enfrentó. En la temporada 1999-2000, volvió a subir a Primera División en un partido contra el Recreativo de Huelva, en el que los andaluces se jugaban la pérdida de categoría; finalmente el resultado fue 2-1 a favor de los rojillos. El Benfica tuvo que conformarse con la Copa de la UEFA. Estaba considerada por la UEFA como la segunda competición entre clubs más importante de Europa, después de la Copa de Campeones de Europa/Liga de Campeones y por delante de la Copa de la UEFA. El subcampeón de la temporada 2005-06, el Arsenal FC, quedó encuadrado con el FC Oporto, ganador del torneo en 2004, camiseta de colombia 100 años como máximo rival para conseguir la clasificación y el primer puesto del grupo.